TPS menerapkan ISPS Code di setiap lokasi akses masuk-keluar terminal. Ini merupakan standar keamanan pelabuhan. Setiap orang (pegawai atau tamu) dan kendaraan yang masuk dalam lingkungan kerja TPS harus diidentifikasi dengan mesin hand punch. Mesin ini mampu membaca identitas melalui tapak tangan.

Selain ISPS, TPS juga memiliki fasilitas:

CCTV  : 30 titik
X-Ray  : 1 unit
Gamma ray : 1 unit
Turnstile : 1 unit

Hand punch machine : 22 unit