Untuk meningkatkan mutu pelayanan kepada para pelanggan, TPS telah menyediakan Pusat Layanan Dokumen dalam satu atap dengan Bea Cukai dan Bank-bank terkait. TPS secara terpisah juga menyediakan fasilitas bagi Perusahaan Pelayaran untuk memproses dokumen kedatangan/keberangkatan kapal.

Sebagai sebuah perusahaan jasa, TPS sangat menyadari bahwa kepuasan pelanggan adalah tolok ukur kesuksesan. Oleh karena itu, TPS selalu mengadakan pertemuan teratur dengan para pelanggan dan pebisnis terkait untuk memperoleh informasi terkini dan masukan-masukan demi peningkatan mutu pelayanan.